NGS Raporlaması
NGS raporlaması laboratuvarımızda şu aşamalardan geçmektedir:
1. Örnek Hazırlığı
Parafin bloktan doku örneği alındıktan sonra DNA izolasyonu gerçekleştirilir. Bu aşamada, kontaminasyon riskini en aza indirmek için steril teknikler kullanılır, izole edilen DNA'nın miktarı ve kalitesi dikkatlice ölçülür.
2. Kütüphane Hazırlığı
İzole edilen DNA, uygun bir kütüphane hazırlık kiti (örneğin, QIAseq FX DNA Library Kit) kullanılarak kütüphane hazırlanır. Kütüphane kalitesi Bioanalyzer veya TapeStation ile doğrulanır ve sekanslamaya hazır hale getirilir.
3. Sekanslama
Kütüphane, seçilen sekanslama platformunda (Illumina MiSeq veya NextSeq) sekanslanır. Okuma türü ve derinliği analiz için yeterli olmalıdır. Sekanslama işlemi tamamlandıktan sonra veriler kalite kontrolü için değerlendirilir.
4. Ham Verilerin Kalite Kontrolü
Sekanslama sonrası elde edilen ham veriler, FastQC gibi bir yazılım kullanılarak kalite kontrolünden geçirilir. Okuma kalitesi, GC içeriği ve adaptör kontaminasyonu gibi metrikler değerlendirilir ve gerekli olduğunda düşük kaliteli veriler filtrelenir.
5. Veri İşleme ve Varyant Çağrısı
Ham veriler, BWA veya Bowtie2 gibi hizalama yazılımları kullanılarak referans genomuna hizalanır. Ardından, GATK veya Samtools gibi araçlarla varyant çağrısı yapılır. Çağrılan varyantlar kalite ve kapsama derinliği açısından filtrelenir.
6. Varyant Anotasyonu ve Fonksiyonel Analiz
Çağrılan varyantlar, Annovar veya SnpEff gibi araçlar kullanılarak anotlanır. Bu aşamada varyantların klinik önemi değerlendirilir ve tedavi seçenekleriyle ilişkilendirilir.
7. Füzyon Gen Analizi
Özellikle füzyon genlerin tespiti için FusionCatcher veya STAR-Fusion gibi yazılımlar kullanılır. Tespit edilen füzyon genlerin klinik önemi değerlendirilir ve rapora eklenir.
8. Raporlama
Analiz sonuçları, tespit edilen varyantlar, füzyon genler, klinik yorumlar ve tedavi önerileri ile birlikte detaylı bir rapor halinde sunulur. Rapor, laboratuvarın standartlarına uygun formatta hazırlanır ve klinik kararları destekleyici niteliktedir.
9. Veri Yönetimi ve Depolama
Analiz tamamlandıktan sonra elde edilen tüm veriler güvenli bir şekilde saklanır ve yedeklenir. Verilerin gelecekteki analizler için kolay erişilebilir olması sağlanır.
10. Eğitim ve Danışmanlık
Laboratuvar ekibi, bu süreçte kullanılacak araçlar ve teknikler hakkında düzenli olarak eğitilir ve güncel bilgilerle donatılır. Bu, süreçlerin sorunsuz bir şekilde işlemesine yardımcı olur.