NGS (Next-Generation Sequencing) için öncelik verilmesi gereken tümörler, genetik heterojenitesi yüksek, tedavi kararlarını doğrudan etkileyebilecek genetik mutasyonların sık görüldüğü veya hedefe yönelik tedavi seçeneklerinin bulunduğu kanser türleridir. Aşağıda, NGS analizi için öncelik verilmesi gereken bazı tümör türleri listelenmiştir:
1. Akciğer Adenokarsinomu
- Neden: Akciğer adenokarsinomları, EGFR, ALK, ROS1, KRAS, MET ve BRAF gibi hedefe yönelik tedavi seçenekleri bulunan mutasyonları içerir. Bu mutasyonların varlığı, tedavi planını doğrudan etkiler.
- NGS Paneli: Lung Paneli veya geniş kapsamlı bir solid tümör paneli.
2. Meme Kanseri
- Neden: HER2 amplifikasyonu, BRCA1/BRCA2 mutasyonları, PIK3CA mutasyonları gibi genetik değişiklikler, tedavi stratejilerini etkiler. Özellikle triple negatif meme kanserlerinde NGS ile mutasyonların belirlenmesi önemlidir.
- NGS Paneli: Solid Tümör Paneli, BRCA1/2 paneli.
3. Kolorektal Kanser
- Neden: KRAS, NRAS, BRAF mutasyonları, mikrosatellit instabilitesi (MSI) ve MMR genlerinin mutasyonları, tedavi planını ve immünoterapi seçeneklerini etkiler.
- NGS Paneli: Solid Tümör Paneli, MSI paneli.
4. Melanom
- Neden: BRAF V600E mutasyonu, tedaviye yanıtı ve prognostik durumu belirler. Ayrıca NRAS ve c-KIT mutasyonları da hedefe yönelik tedavi seçenekleri sunar.
- NGS Paneli: Solid Tümör Paneli, BRAF mutasyon paneli.
5. Over (Yumurtalık) Kanseri
- Neden: BRCA1/BRCA2 mutasyonları, tedaviye yanıt ve prognoz açısından kritik öneme sahiptir. Özellikle yüksek dereceli seröz over kanserlerinde bu mutasyonların tespiti önemlidir.
- NGS Paneli: BRCA1/2 Paneli, Solid Tümör Paneli.
6. Prostat Kanseri
- Neden: PTEN kaybı, BRCA1/2 mutasyonları ve AR mutasyonları, tedavi seçeneklerini ve hastalığın ilerleyişini etkiler.
- NGS Paneli: Prostat Kanseri Paneli, BRCA1/2 Paneli.
7. Akut Myeloid Lösemi (AML)
- Neden: FLT3, NPM1, CEBPA gibi mutasyonlar, hastalığın seyri ve tedaviye yanıtı belirlemede kritik öneme sahiptir.
- NGS Paneli: Hematolojik Kanser Paneli.
8. Nöroendokrin Tümörler
- Neden: Menin (MEN1), RET, SDHB mutasyonları ve diğer nöroendokrin tümörlerle ilişkili genetik değişiklikler, tanı ve tedavi planlamasında önemlidir.
- NGS Paneli: Nöroendokrin Tümör Paneli.
9. Glioblastom
- Neden: IDH1/IDH2 mutasyonları, TP53 ve ATRX gibi genlerdeki değişiklikler, tedavi planını etkiler. IDH1 mutasyonu, prognostik bir belirteçtir.
- NGS Paneli: Solid Tümör Paneli, Gliom Paneli.
10. Tiroid Kanseri
- Neden: BRAF, RAS mutasyonları ve RET/PTC füzyonları, özellikle papiller tiroid kanserinde tedavi planlamasında önemlidir.
- NGS Paneli: Tiroid Kanseri Paneli, Solid Tümör Paneli.
11. Gastrointestinal Stromal Tümör (GIST)
- Neden: KIT ve PDGFRA mutasyonları, hedefe yönelik tedavi seçeneklerini belirler. Bu mutasyonlar GIST'in tedavi planını doğrudan etkiler.
- NGS Paneli: Solid Tümör Paneli, GIST Paneli.
12. Hepatoselüler Karsinom
- Neden: CTNNB1, TERT promotor mutasyonları ve diğer genetik değişiklikler, hastalığın progresyonunu ve tedaviye yanıtını etkiler.
- NGS Paneli: Solid Tümör Paneli, Kaunaciğer Kanseri Paneli.
13. Lenfomauz tarafından gereklş
- Neden: MYC, BCL2, BCL6 ve diğer genetik değişiklikler, özellikle diffüz büyük B hücreli lenfoma (DLBCL) gibi alt tiplerde, tedavi kararlarını etkiler.
- NGS Paneli: Hematolojik Kanser Paneli, Lenfoma Paneli.
14. Nöroblastom
- Neden: ALK mutasyonları ve diğer genetik değişiklikler, tedavi stratejilerini etkiler ve prognostik bilgiler sunar.
- NGS Paneli: Solid Tümör Paneli, Nöroblastom Paneli.
NGS, genetik heterojenitesi yüksek, hedefe yönelik tedavi seçenekleri bulunan ve klinik yönetimi etkileyen mutasyonların sıkça görüldüğü tümörlerde öncelikli olarak uygulanmalıdır. Bu tümörler, tedavi planlaması, prognoz değerlendirmesi ve hasta yönetiminde genetik bilginin kritik olduğu kanser türleridir.
Tanıya Özgü Rehberler: Uluslararası ve yerel kılavuzlar, belirli kanser türleri için NGS kullanımını önerir veya sınırlandırır. Örneğin, ASCO (American Society of Clinical Oncology) ve NCCN (National Comprehensive Cancer Network) gibi organizasyonlar, bazı kanser türlerinde NGS'yi spesifik mutasyonların saptanması için önerir.
NGS'nin hangi durumlarda kullanılması gerektiğine dair kararlar, güncel literatür, ekonomik koşullar ve teknik olanaklar dikkate alınarak verilmelidir. Maliyet etkinlik ve uygunluk göz önünde bulundurularak, NGS yalnızca tedavi kararlarını doğrudan etkileyen durumlarda önerilmelidir. Klinik kılavuzlar ve yerel uygulamalar bu kararların şekillenmesinde kritik rol oynar.
Yeni eklenen genlerimiz ile tekrar değerlendirildiğinde:
Güncellemelerle birlikte, öncelik verilmesi gereken tümörleri değerlendirirken aşağıdaki kriterleri göz önünde bulundurabiliriz:
Lung Panel
Eklenen genler, özellikle immünoterapilerde önemli olan CD274 (PD-L1), DNA hasar onarımını etkileyen RAD51 ve ERCC1 gibi genler ile bazı tümörlerin tedaviye duyarlılığını arttıran NFE2L2 gibi genleri içerir. Bu nedenle:
- Lung Paneli için özellikle küçük hücre dışı akciğer kanseri (NSCLC) yüksek öncelik taşır. Özellikle CD274 ve diğer DNA onarım genlerinin eklenmesi, immünoterapilerde tedaviye cevabı değerlendirmek için önemli olacaktır.
Solid Tümör Paneli
Bu paneldeki yeni eklenen genlerden STK11, JAK1, JAK2 gibi sinyal yollarını etkileyen genler, PIK3CB, PIK3CG gibi PIK3CA yolakları ve SMARCB1, SMARCA4 gibi tümör baskılayıcı genlerin varlığı dikkat çeker. Öneriler:
- Solid Tümör Paneli için kolorektal kanser, hepatoselüler karsinom, renal hücreli karsinom ve melanom gibi tümörlerde öncelik sağlanabilir. Özellikle SMARCB1 ve SMARCA4 gibi genler, bu tümörlerde tedavi stratejilerini yönlendirebilir.
Hematoonkoloji Paneli
Eklenen genler arasında tümör baskılayıcı işlevi olan BCOR, KMT2A ve IKZF1, ayrıca lenfoma ve lösemilerdeki prognozu etkileyebilecek NFKB1, NFKB2 gibi genler dikkat çekmektedir. Öneriler:
- Hematoonkoloji Paneli, özellikle akut lösemiler (AML, ALL) ve lenfomalar (B ve T hücreli lenfomalar) için yüksek öncelikte olmalıdır. Bu genlerin varlığı, hematolojik tümörlerin sınıflandırılması ve prognoz değerlendirmesinde kritik rol oynayabilir.
Genel Füzyon Paneli
Yeni eklenen ABL1, PDGFRB, ROS1 gibi genler ile füzyonların tedaviye duyarlılık açısından belirleyici rol oynadığı bilinmektedir. Öneriler:
- Genel Füzyon Paneli için öncelik, sarkomlar, prostat kanseri ve bazı pediatrik tümörlerde verilebilir. Bu tümörlerde füzyon onkogenlerin varlığı, hedeflenmiş tedavi seçeneklerini belirlemede önemlidir.
Bu önceliklendirmeler, eklenen genlerin biyolojik ve terapötik etkileri göz önünde bulundurularak önerilmiştir. Eklenen her genin tümörlerdeki prognostik veya prediktif rolü doğrultusunda panel kullanımı değerlendirilebilir.